Época de Construcción: desde la segunda mitad S. XVII hasta 1831
Construida por Rubin, arquitecto de Pesues
Este edifico, fue físicamente construido por sus propios habitantes, quienes reservaron, durante los años que duraron las obras, un día a la semana para trabajar en el proyecto después de la escena ocurrida con el administrador del Duque de Infantado en la antigua iglesia que se erguía en el acantilado de la playa de los Muertos (actual cementerio) .También su coste fue compartido por todo el pueblo.
De planta cuadrangular y cabecera rectangular, con tres naves e imponente torre prismática, de cuatro alturas, rematada en el siglo XVIII con una balaustrada y acabada en un pináculo piramidal. Realizada en piedra de mampostería con sillería en los contrafuertes, en los esquínales y en los cercos de los vanos, acoge en su interior el Cristo del Amparo, patrono de los pescadores, bajo cuya advocación salían los marineros comillanos y a quien se encomendaban en los momentos de mayor peligro, y un interesante órgano romántico de inicios del siglo XX.
En el contexto de la arquitectura religiosa de la región, es singular este templo por presentar dos portadas. Al norte se abre una puerta entre contrafuertes, de influencia clasicista, con arco de medio punto flanqueado por pilastras y coronada con un frontón partido. Como remate hay una hornacina en la que destaca una imagen moderna de San Cristóbal, obra del escultor de Santillana del Mar, Jesús Otero. En la fachada opuesta hay otro acceso con los escudos de la villa y de la Corona y con una inscripción que se remonta a 1713.
Hay dos escudos. El de la derecha es cuartelado y con escuson lleva corona real de la que apenas queda vestigio, adorno de lambrequines y el collar del Toison de oro:
1) y 4) Castillo mazonado y donjonado. Armas de Castilla.
1) y 3) León rampante .Armas de León.
En el escuson las lises de los Borbones, timbrando una de ellas este pequeño escuson. Armas de Felipe IV. (Armas de España en la iglesia parroquial)
La otra pieza armera apoya como la anterior sobre tres cabecitas, presenta una nave rompiendo la cadena de Sevilla. En el cantón superior izquierdo una torre de tres cuerpos, y en jefe, algo que no se distingue muy bien. Armas de la villa de Comillas
La intervención de Martorell dejo una huella patente en el pulpito, en la reja del prebisterio, hoy parcialmente desaparecida, en el coro y las vidrieras, de las que solo quedan dos.
