El puerto esta defendido de los temporales del Noroeste, Norte y Nordeste, por un alto dique poligonal, que configura una dársena interior, tiene un difícil acceso de solo 9m de anchura en el que existen una compuerta hecha de vigas de madera con las que se cierra la dársena cuando hay mareas fuertes o resacas que ponen en peligro las embarcaciones del interior.
Durante muchos años la actividad marinera de Comillas estuvo vinculada a la playa, ya que el puerto como tal no se construyo hasta el 1603 quedando concluido en 1716, habiéndose invertido más de 30.700 ducados y siendo costeado por los propios vecinos de Comillas. El puerto estaba defendido, en su tiempo, por tres garitas y un fuerte con cuatro piezas de artillería. Desde siempre y sobre todo desde la construcción del puerto, tendría una preferencia en su actividad pesquera: la caza de la ballena, a la que salían a cazar en chalupas, armados de arpones. La importancia fue tal que Comillas fue el ultimo puerto santanderino que mantuvo su tradición ballenera hasta bien entrado el S. XVIII .La tradición reconoce a la gran Peña Blanca, situada debajo de las bodegas de los marineros, el lugar donde antaño se arrastraban las piezas de los cetáceos logradas para su descuartizacion . Las capturas mas frecuentes eran el besugo y el congrio en invierno, y la sardina y el bonito en verano.
Hace bastantes años se exportaban por el puerto blenda y calamina. Así mismo, se descargaban o importaban por el mismo, años atrás, carbón y cemento.
Siguiendo una tradición secular tuvo organizada y reglamentada su propia Cofradía de Pescadores o Cofradía de Mareantes, llamada del Santo Cristo del Amparo, desde primeras décadas del S. XIV. Sin embargo en el S.XVII, comienza a decaer el Cabildo de Mareantes en razón al corto número de embarcaciones y pescadores a que ha quedado reducido
En la zona de servicio del puerto hay una Lonja de pescado: edificio de estilo montañés ubicado sobre el muelle oeste, se construyo en 1942 sobre los cimientos y muros de contención de un antiguo almacén de minerales de la Real CIA Asturiana de Minas. El edifico tiene un cuerpo central de dos plantas y dos laterales de una sola planta.
Camino del espigon, se ha colocado una placa de bronce con figura de busto y bajorrelieve del poeta comillano Jesús Cancio (1885-1961), el llamado “poeta del mar”.
